Pipeline Nextflow RNA-seq Automatisé

Implémentation d'un pipeline de traitement RNA-seq entièrement automatisé et évolutif avec Nextflow pour l'analyse génomique à haut débit dans des environnements cloud.

Nextflow, Cloud Computing, Automatisation de pipeline

Le Défi

Le Consortium de Médecine de Précision traitait les échantillons RNA-seq manuellement avec des protocoles incohérents et de longs temps d'attente. Ils avaient besoin d'un pipeline entièrement automatisé et reproductible qui pourrait s'adapter aux charges de travail fluctuantes.

Notre Solution

Nous avons conçu un pipeline Nextflow robuste intégrant le contrôle qualité, l'alignement (STAR), la quantification (RSEM), et l'analyse d'expression différentielle (DESeq2). Le pipeline a été optimisé pour AWS Batch avec des conteneurs Docker/Singularity pour une reproductibilité et une évolutivité maximales.

Technologies Utilisées

Nextflow

Docker

Singularity

Python

STAR

RSEM

DESeq2

AWS Batch

Résultats et Impact

Le consortium a atteint une réduction de 10x du temps de traitement et a complètement éliminé les erreurs manuelles. Le pipeline automatisé traite maintenant plus de 1 000 échantillons par mois avec des résultats cohérents et reproductibles.

Témoignage Client

“Le pipeline Nextflow a transformé nos opérations génomiques. Ce qui nécessitait des semaines de travail manuel fonctionne maintenant automatiquement avec une reproductibilité parfaite.”

CdMdP

Consortium de Médecine de Précision

Équipe de Recherche