Automatisierte RNA-seq Nextflow-Pipeline

Implementierung einer vollautomatisierten, skalierbaren RNA-seq-Verarbeitungspipeline mit Nextflow für Hochdurchsatz-Genomikanalyse in Cloud-Umgebungen.

Nextflow, Cloud Computing, Pipeline-Automatisierung

Automatisierte RNA-seq Nextflow-Pipeline

Die Herausforderung

Das Precision Medicine Consortium verarbeitete RNA-seq-Proben manuell mit inkonsistenten Protokollen und langen Wartezeiten. Sie benötigten eine vollautomatisierte, reproduzierbare Pipeline, die sich an schwankende Arbeitslasten anpassen konnte.

Unsere Lösung

Wir designten eine robuste Nextflow-Pipeline, die Qualitätskontrolle, Ausrichtung (STAR), Quantifizierung (RSEM) und Differentialexpressionsanalyse (DESeq2) integriert. Die Pipeline wurde für AWS Batch mit Docker/Singularity-Containern für maximale Reproduzierbarkeit und Skalierbarkeit optimiert.

Verwendete Technologien

Nextflow

Docker

Singularity

Python

STAR

RSEM

DESeq2

AWS Batch

Ergebnisse & Auswirkungen

Das Konsortium erreichte eine 10-fache Reduzierung der Verarbeitungszeit und eliminierte manuelle Fehler vollständig. Die automatisierte Pipeline verarbeitet jetzt über 1.000 Proben pro Monat mit konsistenten, reproduzierbaren Ergebnissen.

Kundenbewertung

“Die Nextflow-Pipeline hat unsere Genomik-Operationen transformiert. Was früher Wochen manueller Arbeit erforderte, läuft jetzt automatisch mit perfekter Reproduzierbarkeit.”

PMC

Precision Medicine Consortium

Forschungsteam

Projektgalerie

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